万全堂药店创建于明朝中叶，距今已有500余年的历史。清乾隆十一年以前为乐家独资经营，故有“先有万全堂后有同仁堂”之说法。经营到同治十二年，以韩姓为首的山西九户人家以股份制形式共同经营万全堂。这就是“文革”前邓拓亲临万全堂调研“中国资本主义萌芽”的原因，也可以讲，这是中国股份合作制最原始雏形。
　　随着年代的变革，万全堂始恪守“遵古炮炙选药精良”的宗旨，赢得了社会各界的赞誉，声名远播。正如1926年江淮名士杨绳武为万全堂装修重饰开业时所题的匾额“万国称杨誉广三千界，全球景仰名垂五百年”，比较真实的反映了万全堂当时的盛况。1956年公私合营后，万全堂以零售为主，保留了制剂加工业务。“文化大革命”中曾改名益民药店，由于其地理位置优越，经营品种齐全，加之沿袭了几百年来独特的经营作风，使万全堂成为名店。
　　随着计划经济向市场经济的转变，为了适应市场的需要，1980年万全堂开始搞旅游药品销售，并形成了以接待港澳台同胞和华侨为主的旅游购药中心，取得了十分可观的社会效益和经济效益，1986年被北京市旅游局指定为定点购物商店。1988年10月又在天坛东侧路开设了分号，营业面积达200平方米。这一时期，万全堂的经营品种达数千余种，不但有国内顾客需要的各种名牌中西药，还备有野山参、冬虫草、鹿茸、耳环石斛等一批国内外宾客喜爱的高档中药材，规模和效益达到了历史的最高水平。
　　1992年由于崇外大街的改造，万全堂这个有着500余年历史的老字号被拆除了，为了能使万全堂的老字号延续下去，万全堂人经过反复的考察和多方联系，通过租赁房屋等形式，使万全堂这个老字号又放光芒。1998年6月，区政府在崇外大街西七左，为万全堂提供了475平方米的营业面积，经营的品种有：中药饮片、中成药、参茸补品、西药、外用药、保健药、医疗器械、同仁堂系列、全国各地名优药品。